Ἡ Ἱερά Μονή Φωτοδότη Νάξου ἱδρύθηκε ἐπί παλαιοχριστιανικῆς τρίκλιτης κιονοστήρικτης Βασιλικῆς, τοῦ 6ου αἰῶνος, κατά τούς μέσους Βυζαντινούς χρόνους. Τό Καθολικό του πού εἶναι ἀφιερωμένο στήν Μεταμόρφωση τοῦ Σωτῆρος Χριστοῦ (Δεσποτική ἑορτή ἰδιαίτερα προσφιλή στούς Μοναχούς λόγω τοῦ διά βίου ἀγώνα τους γιά τήν ἀπόκτηση τοῦ ἀκτίστου φωτός), φέρει σπαράγματα ἀνεικονικῶν τοιχογραφιῶν εἰκονομαχικῆς περιόδου καί ὡς ἐκ τούτου ἡ ἀνέγερση ἀνάγεται σέ εποχή πρίν τόν 9ο αἰῶνα.
Ἀργότερα προστέθηκε σ’ αὐτό καμαροσκεπές Παρεκκλήσιο καί στήν συνέχεια μετατράπηκε σέ ἰδιότυπο τρουλλαῖο τετρακιόνιο, ἡ δέ Μονή πῆρε τήν μορφή πύργου ἐνισχυμένου ἀμφίπλευρα μέ βαρειές ἀντηρρίδες (σκάρπες).
Ἦταν Μοναστήρι τῆς Ἱερᾶς Μητροπόλεως Παροναξίας, ἀναφερόμενο καί στόν Κώδικα Α΄ αὐτῆς. Τό 1207 ὅμως τό νησί καταλαμβάνεται ἀπό τούς Ἑνετούς οἱ ὁποῖοι ἱδρύουν τό Δουκάτο τοῦ Αἰγαίου, ἐκδιώκουν τόν Μητροπολίτη Παροναξίας καί θέτουν ὑπό τήν κυριαρχία τους ὅλα τά Μοναστήρια τῆς Νάξου. Το 1559 ὁ Δούκας τοῦ Αἰγαίου Ἰωάννης Κρίσπης (1508- 1564) παραχωρεῖ στη Μεγάλη τοῦ Χριστοῦ Ἐκκλησία τήν Μονή τοῦ Φωτοδότου μαζί με ἄλλα δύο Μοναστήρια τῆς Νάξου. Τό 1636 ὅμως ἐπανέρχεται διά σιγγιλιώδους Γράμματος τοῦ Πατριάρχου Βενιαμίν στην κυριότητα τοῦ Μητροπολίτου Παροναξίας. Το 1780 ὁ Μητροπολίτης Παροναξίας Νεόφυτος τό ἀναγνωρίζει ὡς Μετόχιον τῆς Πάτμου ἀλλά καί πάλι το 1830 μέσα ἀπό ἔγγραφα τῆς ἐποχῆς φέρεται ὡς Μετόχιον τῆς Παναγίας τῆς Ἀπεραθίτισσας Νάξου τῆς Ἱερᾶς Μητροπόλεως Παροναξίας.
Ἔκτοτε ὑπῆρξαν πολυχρόνιες διαμάχες μεταξύ Ἱερᾶς Μονῆς τῆς Πάτμου καί Ἱερᾶς Μητροπόλεως Παροναξίας γιά τήν διεκδίκηση τῆς κανονικῆς ὑπαγωγῆς του μέχρι τῆς ἀπό 100 ἐτῶν καί πλέον ἐρημώσεώς του καί ἐνῶ ἤδη ἀπό τό 1930 εἶχαν πωληθεῖ καί τά τελευταῖα κτήματα τῆς Μονῆς τοῦ Φωτοδότη. Το 1959 ἔγινε μία ἀξιόλογη σωστική παρέμβαση γιά τό ἐγκαταλελειμμένο κτίσμα κατόπιν πρωτοβουλίας τοῦ Ναξίου καθηγητοῦ Ἀντωνίου Κατσουροῦ, ἐνῶ ἡ ὁριστική ἀναστήλωση τοῦ Μοναστηριοῦ ἔγινε μεταξύ τῶν ἐτῶν 1991 (ὑποβολή μελέτης ἀπό Ἐθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνεῖο) καί 2007 (ὁλοκλήρωση ἐργασιῶν ἀναστηλώσεως), μετά ἀπό ἐνέργειες τοῦ ἱδρυθέντος τό 1988 ``Συλλόγου Φίλων τῶν Ἐκκλησιαστικῶν Μνημείων Νάξου ``Ο ΦΩΤΟΔΟΤΗΣ``. Ἡ ἀναστήλωση ἀνέδειξε τό πανέμορφο αὐτό πυργόσχημο Μοναστήρι, τό Καθολικό τοῦ ὁποίου συντήρησε διά μέσου τῶν αἰώνων ἡ εὐσέβεια τῶν κατοίκων τῆς περιοχῆς καί ἰδιαίτερα ἡ ἀγάπη τῶν κατά καιρούς καλῶν καί φιλακόλουθων Ἐφημερίων τοῦ Δανακοῦ καί τῶν εὐλαβῶν Δανακιωτῶν, οἱ ὁποῖοι τό θεωροῦν Μοναστήρι τους. Πανηγυρίζει στις 6 Αὐγούστου.